闭关房僻静而合意吉祥的地方内，打扫卫生干净，供奉三宝三根本所依，就是本尊佛像、经书、佛塔和供品等。修行人若是涎分和高热量体质者，则做沐浴，沐浴方法根据各续部中所讲而进行。如果没有做沐浴仪轨，可是下坐时吃喝，大小便后要用净水漱口、洗手。
那若巴尊者
首先自己在坐垫上盘腿，面朝东方，先观察自己的心，诸大德们说不能随便进入修诵中。若是自心烦脑五毒和妄念所缠绕的话，要思维生死无常等将自心改为出离心等修善之心，要不修行跟着烦恼而走就修不成善法。因此祈请三宝三根本把自己的动机稳定中促进自心善法，观察自心不让与烦恼搀杂是很重要。皈依发心开始，父续母续各自惯例的观修金刚萨埵来清净自相续，之后介绍所净基与能净观修的次第，在观修的时候不管观的清不清楚，主要自心不让其它妄念所控制。
于是到了专注各自生起次第时候，一切能依和所依的坛城，尤其要观想自己是该主尊的面相和坐姿衣物装饰都一样，虽一切皆显现但无实质如同镜中之影般，持久这样佛慢观想。初修者虽观想不清晰可时间久并稳定的状态中，心里想自己是真实该本尊了这样佛慢的功德很大。念珠加持，之后各自续部论中讲的息增怀诛的认真观想。
观想本尊或观想散敛，诵咒时尽量要与朗朗声音自心融合。不然掺杂凡夫妄念，即使很长时间诵咒，这样持咒的功效也很小。 因此以上所述在修诵时，若不猛力驱除昏沉与散乱则所有诵咒功效都会被毗那夜迦掠夺。咒语等念诵时要低声，不然会违反密宗根本戒中的第七条。首先念诵前行皈依和后行回向祈愿文，中间禁语，于不掺杂中诵咒，不然无有意义。除了禅坐以外不能走动等其他行为，修诵时始终在一个坐垫上完成。闭关修诵没完成之前坐垫不能移动，从龙树菩萨传下来的诀窍中写道；所修诵本尊的主尊父母咒四十万遍，诸眷属咒各自一万遍。如此念诵时，病人和老人如果觉得太累，可以短时间左右倚靠着念诵持咒，应该不会有过失。在总括要义来讲，本尊咒未完成之前：从上座到下座之间不能躺、不能做起立、笑、大小便、吃东西、坐垫等移动和抖动、与人说话、间断诵咒、不观想本尊的咒轮、不观想光放射及回收、到了念珠头就跨越等。
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