腐乳和豆豉以及其他豆制品一样，都是营养学家所大力推崇的健康食品。它的原料———豆腐干本来就是营养价值很高的豆制品，蛋白质含量达15％~20％，与肉类相当，同时含有丰富的钙质。腐乳的制作过程中经过了霉菌的发酵，使蛋白质的消化吸收率更高，维生素含量更丰富。同时，由于微生物合成了一般植物性食品所没有的维生素B12,素食的人经常吃些腐乳，可以预防恶性贫血。

腐乳和奶酪一样含有丰富的蛋白质和钙。在某些指标上，腐乳甚至有胜过奶酪之处，因为它的饱和脂肪含量很低，又不含胆固醇，还含有大豆中特有的保健成分———大豆异黄酮。不过，它也有不如奶酪的地方，如不含维生素A、维生素D。